元数据作为电子文件归档的重要组成部分，也应一并进行归档。包括基本信息和办理信息。基本信息主要包括题名、文件编号、主送单位、责任者、日期、保管期限、信息公开选项、密级、页数、备注等。办理信息指记录文件拟制、办理等业务行为的数据，如发文的起草、审核、复核、签发、用印、核发等，收文的签收、登记、拟办、承办、传阅、催办、答复等。元数据格式采用xml格式，可根据实际情况对元数据的要素进行取舍考虑，但基本要素必须齐全。
由于电子文件对系统的依赖性特点，电子文件的归档管理还表现为对系统功能的完善，机构使用的办公系统或业务系统应根据电子文件形成特点设置符合归档要求的功能。办公、业务系统首先应能确保基于办公、业务活动产生的办理信息得到有效记录，形成完整的电子文件，在业务办理过程中齐全、完整地收集电子文件及其元数据，包括重要文件形成过程的办理信息。系统应能满足内置档案分类方案和整理规则需要，在电子文件形成和流转办理的过程中完成分类、划分保管期限、命名、编制档号等整理活动。建议在业务办结环节设置电子文件归档功能，与归档电子文件相关的纸质文件进行数字化扫描录入办公、业务系统，纸质文件一并归档。存储电子文件采用符合国家标准的文件格式，确保其能够长期有效读取。系统还须对电子文件的形成、流转、归档等环节进行的所有操作进行跟踪、审计，根据实际情况进行授权管理。涉密信息和数据应当按照保密规定通过涉密信息系统进行采集、存储、处理、传递、使用和销毁，未建设涉密信息系统的，应当通过涉密计算机管理涉密信息和数据，信息交换、传输应当符合保密规定。
归档后的电子文件应有专门的电子文件管理系统或数字档案室系统对其进行规范化管理。归档电子文件的保管要按照国家信息安全等级保护标准建立信息系统和信息内容安全防护体系，定期对电子文件的保管情况、可读取情况等进行测试、检查，发现问题及时处理，运行的软硬件环境、存储载体等发生变化时，将其及时迁移、转换，实行备份制度，根据电子文件不同载体保管环境的要求，选择适宜的保管条件，反映电子文件保管、利用过程的相关信息进行记录和保存。
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